Egon Leo Adolf Ludwig Schiele naît le 12 juin 1890 dans la gare de Tulln, logement de fonction de son père chef de gare à Tulln, au bord du Danube, à une trentaine de kilomètres en amont de Vienne[F 2]. Seul fils survivant d'Adolf Schiele (1850-1905) et de Marie née Soukup (1862-1935), il a deux sœurs aînées, Elvira (1883-1893) et Melanie (1886-1974), mais préférera sa cadette, Gertrude dite Gerti (1894-1981). Son enfance est perturbée par ses échecs scolaires et les crises d'un père probablement syphilitique, jusqu'à ce que, décevant les ambitions familiales mais réalisant une vocation très précoce, il aille se former à la peinture dans la capitale.
Très liée à l'univers du rail, la famille Schiele y espère une carrière pour son unique descendant mâle Egon Schiele vient « d'un milieu exemplaire de l'Empire austro-hongrois à son déclin : catholique, conformiste et dévoué à l'État[G 3] ». Le grand-père Karl Schiele (1817-1862), ingénieur et architecte venu d'Allemagne[c], a construit la ligne ferroviaire reliant Prague à la Bavière, et Leopold Czihaczek (1842-1929), époux d'une sœur d'Adolf, est inspecteur des chemins de fer. Le grand-père maternel Johann Soukup, d'origine rurale, a travaillé sur une ligne de train en Bohême-du-Sud et aurait été promoteur immobilier : c'est à Krumau (actuelle Český Krumlov) qu'Adolf Schiele rencontre vers 1880 sa fille Marie, qui devient sa femme. Les jeunes époux disposent d'une modeste fortune en actions de la Compagnie des chemins de fer de l'État autrichien, outre la position avantageuse que représente un emploi dans la fonction publique de ce pays bureaucratique.
Le séduisant Adolf aime arborer son uniforme de gala ou promener sa famille en attelage — son fils héritera de sa propension à dépenser sans compter[G 5]. Tulln an der Donau est au tournant du siècle un important nœud ferroviaire et, en l'absence d'autres distractions, l'enfant développe une passion pour les trains[K 1] : il joue à la locomotive, installe des circuits pour ses wagons miniatures[G 4] et dès dix ans, s'inspirant des croquis de son père, dessine des gares, des voyageurs ou des convois d'une remarquable précision[F 3] — adulte, il lui arrivera encore de jouer au train ou d'en imiter les différents bruits[G 4],[S 1]. Son père l'imagine ingénieur dans ce domaine et s'irrite de sa prédilection pour le dessin — qui remonterait à ses dix-huit mois[K 1] — jusqu'à brûler un jour un de ses carnets
Après l'école primaire, Tulln étant dépourvue d'établissement secondaire, Egon part en 1901 pour Krems an der Donau, où il apprécie plus le jardin de sa logeuse que la discipline du collège[M 1]. L'année suivante ce sera le Gymnasium de la ville de Klosterneuburg, où son père a pris une retraite anticipée pour raisons de santé. Egon accuse un gros retard scolaire, se renferme, manque des cours. Définitivement dégoûté de l'école, il ne réussit qu'en dessin, en calligraphie et, malgré une constitution fragile, en éducation physique.